Γεννήθηκε στις 7 Ιουνίου 1939. Τα παιδικά του χρόνια, μέχρι και την τρίτη τάξη του Δημοτικού σχολείου, τα έζησε στη Κόμη Κεπήρ. Στη συνέχεια εγκαταστάθηκε στη Λευκωσία με την οικογένεια του αφού ο πατέρας του αποφάσισε να ιερωθεί ακολουθώντας τα βήματα των προγόνων του. Αποφοίτησε από το Δημοτικό Σχολείο Αγίου Κασσιανού. Από μικρός παρακολούθησε μαθήματα Βυζαντινής μουσικής. Ακολούθως φοίτησε στο Παγκύπριο Γυμνάσιο και στη Σχολή Σαμουήλ. Στον εθνικοαπελευθερωτικό Αγώνα της ΕΟΚΑ 1955-59, εντάχθηκε από τους πρώτους στα τέλη του 1954, μαζί με τον ήρωα αγωνιστή Μιχαήλ Γιωργαλλά. Μυήθηκαν και οι δύο στην οργάνωση από τον Παπασταύρο Παπαγαθαγγέλου.
Η έναρξη του Αγώνα την 1η Απριλίου 1955, τον βρίσκει ανάμεσα στα επίλεκτα στελέχη της Άλκιμης Νεολαίας ΕΟΚΑ ως συντονιστή της νεολαίας στην επαρχία Λευκωσίας. Παράλληλα, εκπαιδεύεται από τον ήρωα Στυλιανό Λένα, στη χρήση των εκρηκτικών υλών και την τέχνη των ανατινάξεων. Στα μέσα Ιανουαρίου του 1956 με την ομάδα Γερίου, χρησιμοποιεί το σπίτι του ως ορμητήριο των αγωνιστών. Εκεί συγκεντρώνεται με διαταγή του Αρχηγού του Αγώνα Γεώργιου Γρίβα Διγενή και οπλισμός της οργάνωσης. Στις 15 Αυγούστου 1956 εδόθη πληροφορία ότι οι Άγγλοι επρόκειτο να μεταφέρουν από τις κεντρικές φυλακές στο Γενικό Νοσοκομείο Λευκωσίας δύο από τους θανατοποινίτες Στέλιο Μαυρομάτη, Μιχαήλ Κουτσόφτα και Ανδρέα Παναγίδη. Η ΕΟΚΑ τότε σχεδίασε την απελευθέρωση των αγωνιστών. Ο Γιαννάκης Στεφανίδης, σύνδεσμος τότε της ομάδας Γερίου μαζί με τον αγωνιστή Παναγιώτη Κοτζιά μετέβησαν στο Γέρι και στις 14 Αυγούστου συνάντησαν τον Σπύρο Κυπριανού και τον Κυριάκο Κολοκάση. Στόχος της συνάντησης, η προετοιμασία της απόπειρας απελευθέρωσης των θανατοποινιτών. Δυστυχώς, οι θανατοποινίτες δεν μεταφέρθηκαν στο Γενικό Νοσοκομείο Λευκωσίας και η επιχείρηση εκτελέστηκε χωρίς να επιτύχει την απελευθέρωση των θανατοποινιτών. Στις 31 Αυγούστου 1956, ο Γιαννάκης Στεφανίδης βοήθησε στην κατάστρωση σχεδίου για την απόπειρα απελευθέρωσης του αγωνιστή Πολύκαρπου Γιωρκάτζη και πάλιν από το Γενικό Νοσοκομείο Λευκωσίας. Στην μάχη που ακολούθησε έπεσαν νεκροί οι ήρωες Ιωνάς Νικολάου και Κυριάκος Κολοκάσης και πληγώθηκε ο αγωνιστής Σπύρος Κυριάκου.
Τη 10η Φεβρουαρίου 1959 δολοφονήθηκε από τουλάχιστον τρεις συναγωνιστές του στην Αγλαντζιά. Οι δολοφόνοι του, πολύ πιθανόν, να ζήτησαν από τον Στεφανίδη να λάβει μέρος σε επιχείρηση της οργάνωσης για δήθεν απόκρυψη οπλισμού, μετά από διαταγή του αρχηγού Διγενή. Στον λάκκο που άνοιξε για να τοποθετηθούν τα όπλα της οργάνωσης, έθαψαν τον ίδιο τον Γιαννάκη, αφού ένας από τους δολοφόνους, του επέφερε πισώπλατο χτύπημα. Ο Γεώργιος Γρίβας-Διγενής αναφέρει τον Στεφανίδη, ως το τελευταίο νεκρό του αγώνα.
Ως ΜΕΤΩΠΟ ΚΦΗΒ, συνεχίζουμε να τιμούμε την ανδρεία και την αποφασιστικότητα ενός ακόμα αγωνιστή που χάθηκε άδικα κατά την διάρκεια του Αγώνα.
Γραφείο Τύπου
ΜΕΤΩΠΟ Κυπρίων Φοιτητών Ηνωμένου Βασιλείου